為解決化肥恢復(fù)征收增值稅以前庫存化肥的增值稅問題，8月28日，財政部、國家稅務(wù)總局聯(lián)合下發(fā)《關(guān)于對化肥恢復(fù)征收增值稅政策的補(bǔ)充通知》。按該通知規(guī)定，庫存化肥在未來10個月內(nèi)增值稅稅率為3%。此規(guī)定的出臺，使得生產(chǎn)廠家和經(jīng)銷商不急于在9月1日前清空庫存，有助于化肥市場的平穩(wěn)。
《補(bǔ)充通知》規(guī)定，自2015年9月1日起至2016年6月30日，對增值稅一般納稅人銷售的庫存化肥，允許選擇按照簡易計稅方法依照3%征收率征收增值稅。也就是說，2015年8月31日前生產(chǎn)廠家生產(chǎn)的化肥或經(jīng)銷商購進(jìn)的尚未銷售的庫存化肥，到明年7月1日后銷售的才征收13%增值稅。在此之前銷售的，仍按簡易計稅方法依照3%稅率征收增值稅。存放在港口用于出口的庫存化肥，也參照此規(guī)定執(zhí)行。
另外，《補(bǔ)充通知》還對《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于農(nóng)民專業(yè)合作社有關(guān)稅收政策的通知》（財稅〔2008〕81號）做了部分修改。按照后者的規(guī)定，對農(nóng)民專業(yè)合作社向本社成員銷售的農(nóng)膜、種子、種苗、化肥、農(nóng)藥、農(nóng)機(jī)，免征增值稅。為保證化肥征收增值稅政策的一致性，這次《補(bǔ)充通知》對這一規(guī)定進(jìn)行了修改，決定第三條關(guān)于“化肥”的規(guī)定自 2015年9月1日起停止執(zhí)行，也就是說，即使是農(nóng)民專業(yè)合作社向本社成員銷售化肥，也同樣要征收增值稅。
