現(xiàn)代農(nóng)業(yè)發(fā)展離不開化肥，化肥在給農(nóng)作物帶來營養(yǎng)的同時也會因為施用不當對周邊土壤和環(huán)境造成整體影響。一是化肥施用不當造成的土壤板結、鹽漬化。二是殘留在土壤中的化肥被暴雨沖刷后匯入水體，加劇了水體的"富營養(yǎng)化"，導致水草繁生，許多水塘、水庫、湖泊因此變臭，成為"死水"。下表是2000-2014年化肥的施用量：
當前化肥施用存在兩個誤區(qū)：一是認為"化肥就是氮肥"，氮肥的施用量遠大于其他肥料，只搞單一施肥，忽視了平衡施肥。二是我國目前存在明顯的化肥過度施用的情況。
根據(jù)數(shù)據(jù)顯示，我國農(nóng)作物畝均化肥用量21.9公斤，遠高于世界的平均水平（每畝8公斤），是美國的2.6倍，歐盟的2.5倍。中國的耕地肥力出現(xiàn)了明顯下降，全國土壤有機質平均不到1%。與之對應的是，國內的化肥用量及其增長速度驚人。不僅僅是過度施肥和用肥單一，還經(jīng)常出現(xiàn)忽略了地情變化，照"老經(jīng)驗"施肥的誤區(qū)，加劇了土壤內在結構的不平衡。
針對現(xiàn)存問題，微生物肥料可以成為綠色農(nóng)業(yè)的突破口。微生物肥料中的有效活菌數(shù)高，可以顯著增加土壤中的有益菌群，這些有益菌通過降解各種污染，分解多種動物腐體和植物殘茬等活動使得板結土壤通透性增加；并且有益微生物在生長繁殖時能分泌有益物質，能活化板結土壤中被固定的養(yǎng)分，從而起到疏松土壤、培肥地力的作用。
我國新型肥料的產(chǎn)量所占的比重越來越大。而微生物肥料已成為新型肥料中年產(chǎn)量最大、應用面積最廣的品種，微生物肥料會成為綠色農(nóng)業(yè)發(fā)展的強大助力。微生物肥料還有以下幾種優(yōu)勢。
1、微生物肥料具有提高化肥利用率的作用
近年來我國化肥的使用量上漲4.5倍，但我國糧食產(chǎn)量僅增長了82.8%，三大糧食作物氮肥、磷肥、鉀肥的利用率卻僅為33%、24%和42%。這說明僅靠大量增施化肥來提高作物產(chǎn)量是有限的，況且還會造成土壤和環(huán)境污染的問題。采用微生物肥料與化肥配合施用，既能保證增產(chǎn)，又減少了化肥使用量，降低成本，同時還能改善土壤及作物品質，減少污染。
2、微生物肥料在綠色食品生產(chǎn)中的作用
隨著人民生活水平的不斷提高，尤其是人們對生活質量提高的要求，對綠色無公害的食品需求不斷提升。生產(chǎn)綠色食品的過程中要求不用或盡量少用或限量使用化肥或農(nóng)藥等化學物質的施用。微生物肥料肥料能保護和促進農(nóng)作物生長和提高品質；其次不會產(chǎn)生和積累有害物質；三是對生態(tài)環(huán)境和土壤環(huán)境無不良影響。符合了綠色食品生產(chǎn)和綠色農(nóng)業(yè)發(fā)展的要求。
3、微生物肥料在環(huán)保中的作用
利用微生物的特定功能分解發(fā)酵城市生活垃圾及農(nóng)牧業(yè)廢棄物，制成微生物肥，能將城市生活垃圾合理再利用。另外還有將微生物肥料作為土壤凈化劑使用。
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