商品有機(jī)肥區(qū)別于傳統(tǒng)的農(nóng)家肥。有機(jī)肥可分為農(nóng)家肥和商品有機(jī)肥。在我國2002年推出的有機(jī)肥標(biāo)準(zhǔn)（NY525-2002）中明確有機(jī)肥是要來源于植物和（或）動(dòng)物，施于土壤以提供植物營養(yǎng)為其主要功能的含碳物料。而這一標(biāo)準(zhǔn)不包括農(nóng)民自造的農(nóng)家肥。兩種肥料的區(qū)別重點(diǎn)在于"腐熟"和"無害"。因此商品有機(jī)肥大大改善了農(nóng)家肥養(yǎng)分含量較低，體積大；勞動(dòng)率低，勞動(dòng)強(qiáng)度大；人畜糞等的無害化程度低，病菌傳播、污染大等"三低三大"問題。下文中提到的有機(jī)肥均為商品有機(jī)肥。
有機(jī)肥有利于改善土壤肥力。有機(jī)肥較之化肥的一個(gè)突出的特點(diǎn)就是可以培肥土壤，土壤有機(jī)質(zhì)含量是衡量土壤肥力的一項(xiàng)重要指標(biāo)，是土壤肥力的物質(zhì)基礎(chǔ)。
土壤有機(jī)質(zhì)直接影響著土壤的保肥性、保水性、緩沖性和通氣狀況等。目前我國耕地中，80%的面積缺氮，50%缺磷，30%缺鉀，有機(jī)質(zhì)不足1%。而各類有機(jī)肥資源中通常含有機(jī)質(zhì)60%以上，含氮2.5%，含磷2%以上，不但是良好的肥源，還是良好的土壤改良劑。
有機(jī)肥有利于提高產(chǎn)品品質(zhì)。由于有機(jī)肥養(yǎng)分全面，既含有多種無機(jī)養(yǎng)分，又含有多種有機(jī)養(yǎng)分，還含有大量微生物和酶，保證了果品生長所需養(yǎng)分的全面均衡供給，因而具有改善果品品質(zhì)，保持其固有營養(yǎng)風(fēng)味的作用。以氮素營養(yǎng)而言多以NH4+或氨基酸形式供給植物，進(jìn)入植物細(xì)胞后無需消耗大量能量和植物光合作用產(chǎn)物，如糖分和有機(jī)酸等，直接參與植物細(xì)胞物質(zhì)的合成，故植物生長快，積累的糖分等物質(zhì)多，自然農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量好，且很少有硝酸鹽等有害物質(zhì)污染。
制約有機(jī)肥發(fā)展的問題。2007年全國有機(jī)肥施用量僅占肥料施用總量的25%，其中，畜禽糞便利用傳統(tǒng)堆漚方式約占50%，工廠化利用方式不足1%。制約行業(yè)發(fā)展的主要原因是：一是企業(yè)之間肥源和質(zhì)量參差不齊，缺乏統(tǒng)一的產(chǎn)品標(biāo)準(zhǔn)，很難直接辨別其優(yōu)劣；二是企業(yè)的設(shè)備工藝比較簡陋，工業(yè)化發(fā)展緩慢；三是盡管有機(jī)肥有利于土地肥力的增強(qiáng)，但相對(duì)化肥而言肥效慢，需隨著時(shí)間的推移慢慢地體現(xiàn)在地力上。這種短時(shí)間內(nèi)得不到高回報(bào)，使得對(duì)土地預(yù)期不高或依附不強(qiáng)的農(nóng)民不愿費(fèi)時(shí)費(fèi)力地去使用有機(jī)肥。
有機(jī)肥未來發(fā)展機(jī)遇。隨著消費(fèi)升級(jí)、節(jié)能降耗、綠色食品需求的提升，有機(jī)肥將會(huì)迎來較大的發(fā)展機(jī)遇。主要有以下幾個(gè)原因：一是化肥價(jià)格起伏不定，受煤炭、天然氣、磷礦石、鉀礦石等資源品的制約越來越大。開發(fā)新型化肥，減少能源消耗，是未來肥料發(fā)展的方向之一；二是有機(jī)肥與化肥混合使用，使得產(chǎn)品品質(zhì)和質(zhì)量都有提高，幫助下游企業(yè)獲得較好的經(jīng)濟(jì)效益；三是針對(duì)大家普遍關(guān)注的食品安全問題，有機(jī)肥可以供給一些專門有機(jī)質(zhì)綠色食品的專用基地，生產(chǎn)有機(jī)食品。而這一市場，將為有機(jī)肥打開較大的需求缺口。
